أوصت الهيئة العامة للغذاء والدواء بالحرص الشديد عند استخدام عشبة البابونج، لأنها تتعارض مع بعض الأدوية.
وأوضحت أن البابونج له استخدامات عديدة في الطب البديل، كتخفيف أعراض القلق، وتخفيف الأرق واضطرابات النوم، وتخفيف اضطرابات الجهاز الهضمي مثل عسر الهضم وانتفاخات البطن.
وأشارت إلى موانع استخدام البابونج للأشخاص الذين يعانون من الحساسية تجاه الأزهار وحبوب الطلع، كما يجب على المرأة الحامل عدم الإكثار من تناوله.
ولفتت تعارض العشبة مع أدوية منع الحمل فيخفض من فاعليتها، وكذلك قد يتعارض مع الأدوية المسيلة للـدم عند الإكثار من تناوله فيزيد من فرص حدوث النزيف.